Нео и лидерите на бунта изчисляват, че разполагат със 72 часа докато 25 000 сонди открият Цион и го унищожат напълно заедно с обитателите му. Нео трябва да реши как би могъл да спаси Тринити от лошата ѝ съдба, която е видял в сънищата си.